Berawal dari sebuah Zending School yang didirikan pada tahun 1908 yang selanjutnya tahun 1928 diambil oleh Stichting Centrale Voor Tuberculose Bestrijding (SCVT). Pada tanggal 15 Agustus 1938 dilakukan peletakan batu pertama pembangunan Sanatorium vor Lunlojders (Tjisaroea).
Perjalanan panjang pengobatan pasien tuberkulosis, pada tahun 1978 Sanatorium vor Lunlojders (Tjisaroea) menjadi RSTP (Rumah Sakit Tuberkulosa Paru-Paru) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 137/SK/MENKES/IV/78 tanggal 28 April 1978 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Tuberkulosa Paru-Paru.
Pada tahun 2004, RSTP (Rumah Sakit Tuberkulosa Paru-Paru) menjadi Rumah Sakit Paru Dr.M.Goenawan Partowidigdo berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 190/Menkes/SK/II/2004 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Paru.
Pada tahun 2022 berdasarkan pada Peraturan Menteri Kesehatan tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit di lingkungan Kementerian Kesehatan Nomor 26 Tahun 2022, Rumah Sakit Paru Dr. M.Goenawan Partowidigdo ditetapkan menjadi Rumah Sakit Khusus Pusat Tipe III.
Pada tahun 2024 sesuai dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/MENKES/5/2024 tentang Pedoman Identitas Kementerian Kesehatan, Rumah Sakit Paru Dr. M.Goenawan Partowidigdo mengadopsi identitas baru sebagai RSP Goenawan Partowidigdo.
Dengan sejarah dan perubahan zaman, RSP Goenawan Partowidigdo terus berupaya meningkatkan pelayanan kepada publik, dengan berorientasi pada kepuasan pelanggan.